Les mouches sont un des insectes volants les plus nuisibles. Elles ont plusieurs fonctions dans l'écosystème : elles ont parfois un rôle pollinisateur, c'est à dire qu'elles peuvent jouer le même rôle que les abeilles par exemple et polliniser les plantes à fleurs. Ce sont des "recycleuses" ou "insectes poubelle" : elles participent à la disparition des déchets et se nourrissent de cadavres. On définit les mouches comme des insectes nécrophages. C'est le cas notamment de la mouche grise de la viande. 

Les mouches sont même utiles dans plusieurs cas spécifiques : elles sont utilisées dans la datation de la mort d'un cadavre par les médecins légistes et dans les cultures bio pour lutter contre les coléoptères, les pucerons et les chenilles.

Mais qu'elles investissent un logement, ou une zone d'élevage, elles apportent de nombreux désagréments: 

• -Les mouches transmettent des vers intestinaux et des endorgermes, peuvent provoquer dysentrie, gastro entérite, et maladie du sommeil ;
• -Dans les cas les plus graves, elles peuvent occasionner le cholera, la typhoïde, la tuberculose, ou le typhus.

C'est pourquoi il ne faut pas prendre leur présence à la légère.

Les moucherons eux sont nuisibles par le seul fait de leur présence. Egalement appelés mouche noire, mouche des champignons ou mouche à fruits, ils sont aussi envahissants que désagréables lorsqu'ils sont en grand nombre.